目前我国科研仪器的研发和制造水平与我国现有科学技术水平不相匹配，专门从事科研仪器研发和生产的企业很少，实力相对较弱。虽然近年来，我国开始重视科研仪器设备的自主研发，国家自然基金委还专门设立了科研仪器专项，但就整体而言，国内科研仪器特别是一些重要领域科研仪器的水准与国际先进水平还有着相当大的差距，部分重要的基础科研仪器的研发和制造还处在起步阶段，核心技术掌握在美国和欧洲等西方国家手里，关键的时候我国科研工作极容易受到西方国家的掣肘。
目前我国重大科研仪器自主研发生产还存在以下问题：
一是科研仪器设备的设计和生产技术储备不足。我国科研仪器设备的原始创新、集成创新和引进吸收再创新能力比较薄弱，缺乏能有效带动和引领科学仪器产业发展的核心技术和关键部件，高端通用科学仪器设备的设计，生产的技术储备明显不足。
二是许多重大科研仪器设备对进口依赖度高。如高档次质谱仪、扫描电子显微镜、透射电子显微镜、核酸测序仪等。
三是科学仪器创新人才储备不足。从业者一般来自与科学仪器密切有关的专业，如分析化学、计量学，工科的光学仪器、测试计量技术与仪器、电磁测量技术与仪器、生物医学工程及仪器、精密仪器与机械、分析仪器等专业。
四是科研仪器设备创新能力不足。据悉当前我国最高端的科研成果使用的仪器相当一部分是科研工作者根据自己的需求自行“搭建”和制造的，其余的使用的都是进口仪器。仪器搭建成功后积累的成果在同行中得不到及时的推广，存在着尖端科研仪器设备的创新能力不足的问题。
为此，建议：
一、统筹考虑，在国家中长期科技规划中加入重大科研仪器设备创新战略规划内容
联合教育部，组织我国各相关高校和科研院所，在全面掌握我国科研仪器设备现状和国家科技发展战略需求的基础上，在国家中长期科技规划中加入有关我国重大科研仪器设备中长期研究发展战略内容，从宏观层面上统筹科研仪器设备的研究开发工作。
二、组建重大科研仪器研发生产的“国家队”，在我国科研仪器研发和生产中取得先机
以核心技术和关键部件为突破口，在北京中关村、武汉光谷等高新产业区组建重大科研仪器研发生产的“国家队”企业和研究机构。聚焦美国禁止出口技术清单中的相关领域技术，将我国需要加强的“卡脖子”重大科研仪器技术研发领域作为突破口，加强与高校和科研院所的研究团队合作，对国外已有的重大科研仪器设备进行引进消化、吸收和再创新，迅速形成具备独立制造和发展高端科研仪器的能力。争取将产品迅速推广并占领市场。以此为基础，积极在该地区推进仪器设备自主研发基地、工程化基地建设，推进原创科研仪器设备的应用研究，积极进行原创科研仪器技术的积累。
三、加强科研仪器人才队伍的培养，为科学仪器设备研发创造良好的条件
改革人才培养模式，积极创建新的理工结合、多学科交叉的适合培养科研仪器创新型人才的新专业。建立科学仪器设备人才库，摸清现有人才队伍结构以及稀缺人才的种类，进而大力培养、凝聚、稳定一批科研仪器设备创新的人才和团队。坚持项目、仪器、人才相结合，促进一流人才和重大项目向科研仪器基地聚集。
四、校企结合，加强科研仪器设备的创新能力建设
以科研仪器的原始创新为突破口，重点围绕国家重大前沿科学研究需求，开展新原理、新技术、新方法的研究，力争实现前沿科研仪器设备的重大突破与跨越；加强集成创新，着力开展前沿重大科研仪器设备中具有产业竞争力的仪器设备开发；通过校企合作的方式对现有科研团队已经取得的科研仪器成果进行商品化和推广，开发出一批具有自主知识产权的重大科学仪器设备。