近年来，我国不断加强公共卫生应急体制机制建设，建成了全球规模最大的法定传染病疫情和突发公共卫生事件信息系统，基本构建起四级疾病预防控制体系，并成功应对多次重大突发疫情侵袭。但是，此次新型冠状病毒感染肺炎疫情的发生发展，暴露出我国对突发公共卫生事件的监测预警及应急处置仍存在不小短板，主要体现在：
1.监测预警能力不足，尤其缺乏新发突发疫情主动监测体系和预警机制。应对策略被动与确诊能力不足、医卫资源缺乏等因素叠加，造成源头控制不力、早期干预迟滞，致使疫病快速大面积蔓延。
2.县区以下没有专门公共卫生机构，农村和社区卫生机构作为疫情防控第一道防线，专业技术人员缺乏，医疗技术能力不足，防治能力脆弱，及早发现、及时报告、妥善处置等能力非常有限。
3.临床、疾控、科研协同不够，实验室、临床和流行病各学科各自为战，临床资料、流行病学资料得不到有序收集、研究和共享，都对及时准确判定疫情、制定防控措施产生了不利影响。
4.防疫应急物资储备短板明显，关键物资应急生产及调配能力尚需提高。
为此，建议：
一、切实提高新发急性传染病监测预警能力
一是革新应对策略，建立完善的信息监测系统，提高主动监测能力。发现病例聚集、尤其是检测到新型病毒后，应高度警惕其潜在风险，第一时间组织病原学、传染病学、公共卫生、临床医学等各方面专家，论证和预测疫病传播、流行趋势，及早发布预警信息。
二是完善媒体监测与情报收集系统，重视一线亲历者的科学发现与声音，重视专业领域的专业学术意见，科学甄别、及时发现具有潜在公共卫生意义的信息，并迅速推演发展趋势及影响，评估防控措施效果，为科学决策、有力应对提供依据。
三是提高疾病预防控制机构在传染病监测方面的专业素养和能力，提高其对突然发生、造成或者可能造成社会公众健康严重损害的传染病疫情、群体性不明原因疾病的监测水平。
二、切实提高基层医疗卫生体系在重大疫情中的防控能力
织密扎紧基层网底是防控疫情最有效、最关键的措施。一是强化基层公共卫生能力建设，在乡镇、社区合理配置公共卫生人力资源，加强培训及演练，提高现场应急处置能力；二是强化分级诊疗制度建设，提升基层医疗服务技术水平，使群众能够就近获得满意的医疗卫生服务；三是落实预防为主、基层为重点的工作方针，深化改革，综合施策，真正补短板、建机制、强基层。
三、切实提高科学研究协同攻关的技术支撑能力
一是建立对重大疫情研究资源（包括病例临床治疗、病源标本、流行病学资料）开放共享机制，由国家卫健委牵头建立统一的共享平台，明确相关实施细则，及时收集全国资料，供各方面研究共享使用。
二是打破实验室研究、流行病学、临床学研究之间的壁垒，集中优势力量开展大协作大攻关，使各领域之间的研究互相促进，以最快速度认清疫情发生发展的内在规律，为防控决策提供技术支撑。
三是完善顶层制度设计，建立稳定支持基础研究的长效机制，鼓励引导科研团队不追热点，甘坐冷板凳，长期、专注、系统开展研究探索，建设在本领域、本专业权威的科研团队和科研队伍。
四是加强同世界卫生组织等国际组织以及发达国家合作，分享信息和成果的同时，积极主动寻求支援和帮助，在病原学、流行病学、临床治疗学等方面广泛开展科研合作。
四、切实提高防疫物资储备及调配能力
一是制定防疫物资储备方案，明确储备范围和方式，采取国家储备与企业储备相结合、分级分类管理的方式，提升防疫关键物资、设施、设备的应急供应能力。
二是科学布局生产能力，按照“平战结合”的思路，建立物资设备储备信息库，厘清紧急状态下能够生产、提供关键物资设备的企业和个人，以便在紧急事态时，能够尽快组织生产和调配使用。
三是建立应急储备管理机制，实时动态管理，及时更新信息，为应急物资调配夯实基础。